IntelliCircos: Alat Penulisan Plot Circos Berbasis Data dan AI

Abstrak
Data genomik sangat penting dalam domain biologi dan medis, dan analis bioinformatika sering kali membuat plot sirkus secara manual untuk menganalisis data dan mengekstrak wawasan yang berharga. Namun, membuat plot sirkus itu rumit, karena memerlukan desain yang cermat untuk beberapa atribut lintasan dan hubungan posisional di antara keduanya. Biasanya, analis sering kali mencari inspirasi dari plot sirkus yang ada, dan mereka harus menyesuaikan dan menyempurnakan plot secara berulang untuk mencapai desain akhir yang memuaskan, yang membuat prosesnya membosankan dan memakan waktu. Untuk mengatasi tantangan ini, kami mengusulkan IntelliCircos, alat pembuat interaktif bertenaga AI yang menyederhanakan proses dari desain visual awal hingga implementasi akhir plot sirkus. Secara khusus, kami membangun kumpulan data baru yang berisi 4396 plot sirkus dengan anotasi dan konfigurasi yang sesuai, yang diekstraksi dan diberi label dari makalah yang diterbitkan. Dengan kumpulan data tersebut, kami selanjutnya mengidentifikasi pola kombinasi lintasan, dan memanfaatkan Large Language Model (LLM) untuk memberikan rekomendasi desain khusus domain dan referensi konfigurasi untuk menavigasi desain plot sirkus. Kami melakukan studi pengguna dengan 8 analis bioinformatika untuk mengevaluasi IntelliCircos, dan hasilnya menunjukkan kegunaan dan efektivitasnya dalam menyusun plot sirkus.